叛军在少年三国志中是一种特殊的战斗机制，需要玩家针对其特点组建专门的阵容。叛军战斗的核心在于快速输出和高效收割，因此阵容构建需围绕高爆发武将展开。吴国叛军阵容的核心输出位主要集中在吕蒙和孙坚这两位武将身上，吕蒙作为主力收割者，技能可对残血目标造成额外伤害，孙坚则负责前排压血线并为全队提供攻击加成。这种前排压血线+后排收割的配合是吴国阵容的灵魂。
群雄阵营在叛军玩法中也有独特优势，其阵容通常以南华老仙、袁绍和蔡文姬为核心。南华老仙作为主力输出，需要优先培养；袁绍提供关键的光环加成；蔡文姬则负责治疗和辅助。有条件的玩家可以加入紫虚和甄姬进一步提升输出能力，但需注意武将之间的羁绊关系和站位配合。群雄阵容的特点是依靠持续召唤和叠加伤害，在叛军战斗中能打出可观的输出总量。
通常情况下，主力输出武将应放在一号位优先出手，如吕蒙或南华老仙；辅助型武将如袁绍放在二号位提供增益；治疗或控制型武将则置于后排。重骑兵种可灵活布置在任意位置，但建议放在盾兵后方提供输出；弓手和谋士必须布置在后排。布阵时要充分考虑敌方援军的出现位置，避免主力输出被针对性打击。
装备和培养策略直接影响叛军阵容的发挥。输出武将应优先搭配增加暴击和攻击的装备套装，如惊鸿套装适合吕蒙，霸王套装则适合孙坚。宝物精炼以攻击属性为主，战魂选择上输出武将推荐破军，防御型武将推荐不动如山。培养资源应集中向核心输出倾斜，天命等级高出辅助将3到4级即可，觉醒等级也优先提升主力输出武将。
叛军战斗的特殊机制需要玩家掌握几个关键点。叛军援军会在特定回合出现，因此要保留部分高输出武将的怒气技能应对突发情况。战斗过程中无法直接控制武将，但可以在回合间隙调整站位。叛军刷新时间通常集中在特定时段，提前准备征讨令并调整好阵容至关重要。不同阵营的叛军阵容各有优劣，玩家应根据自身武将储备和培养程度选择最适合的方案。
