航空母舰作为核心战略舰船，其搭载战斗机的机制遵循模块化装配原则。航母通过特定子系统中的机库模块实现战机搭载，不同类型的机库对应不同规格的舰载机容量。玩家需在蓝图研究阶段解锁并配置对应模块，例如大型战机机库可容纳8架标准战机编队，而综合舰载机平台则支持混合搭载战机和护航艇。每艘航母的初始设计会自带基础载机系统，但通过技术值强化可扩展其功能。
战斗机的实际部署需通过舰队编队界面完成操作。进入编队管理后，玩家需先将航母编入主力舰队，随后在载机配置栏位中选择已研发的战机蓝图。系统会根据机库剩余容量显示可搭载数量，单次最多可配置3个中型编队或1个大型编队。战机编队会占用独立的人口配额，与护航艇共享航母的总体搭载上限。完成配置后，舰载机将自动进入待命状态，在舰队遭遇敌方单位时按预设战斗序列出击。
工程团队的技术值分配直接影响机库的装载速度和维修能力，优先升级仓储强化模块能显著提升连续作战时的补给效率。在实战中，搭载了信息无人机的支援平台可额外提升战机命中率，这类特殊模块需要单独研发并装配。部分高级航母还具备协同作战功能，允许无人机与有人驾驶战机形成战术配合，这种复合搭载方式能有效应对不同战场环境。
由于舰载机出击存在冷却周期，连续作战时需要合理规划返航补给路线。在星系长距离移动时，建议将航母单独编组并使用增援指令快速部署，避免因移动速度差异导致舰队脱节。当遭遇防空火力密集的敌方舰队时，可临时调整搭载方案，用护航艇替换部分战机以增强生存能力。这些动态调整策略是发挥航母最大效用的关键。
后期发展阶段，玩家可通过特殊协议获取增强型机库蓝图。这类高级模块往往具备双重搭载特性，既能容纳大型轰炸机编队，又可配置电子战无人机。但需注意模块间的兼容性问题，例如同时装配维修机库与攻击型机库会降低总体效率。理想状态下，航母应保持至少30%的冗余搭载空间，以便在遭遇战时快速补充损耗的舰载机单位。
维护航母战斗群需建立完整的后勤体系。建议在基地周边建设专用停机平台，这些设施能缩短舰载机的整备时间。采矿舰队要优先保证晶体和重氢供应，这两类资源直接影响战机生产和维修速度。当航母处于星系要塞驻防状态时，可启用自动补给协议，该功能会按预设比例持续补充损耗的舰载机，但会相应降低资源采集效率。
