获取妙蛙种子的主要方式是在游戏开始时从大木博士研究所的三只初始宝可梦中选择它作为伙伴。这是最直接且官方设定的获取途径，玩家需在妙蛙种子、小火龙和杰尼龟之间做出选择。若未选择妙蛙种子，则无法通过正常游戏流程再次获得，除非使用特定版本的改版游戏或外部工具。初始选择阶段需谨慎考虑队伍属性搭配，妙蛙种子的草/毒双属性在前期道馆战中具备显著优势。
对于非初始选择的情况，部分玩家反馈在22号道路或常青森林的草丛中有极低概率遇到野生妙蛙种子，但这种遭遇完全依赖随机概率且未经官方资料证实。标准版本的火红游戏并未设计野生御三家的捕捉机制，相关遭遇记录多来自玩家修改的386版本或特殊改版。若坚持寻找野生个体，建议在22号道路反复切换场景刷新草丛，使用喷雾剂可能影响遭遇率。
通过NPC赠送也是潜在获取途径之一。有资料显示在华蓝市宝可梦中心左侧民居内，与特定NPC对话可能获得妙蛙种子，但该触发条件需收集30种不同宝可梦。这种获取方式存在争议，因其未在官方攻略本中明确记载，可能是特定版本或事件限定内容。建议玩家优先完成图鉴收集任务后再尝试此方法。
模拟器玩家可考虑通过金手指或存档修改器添加妙蛙种子，这种方法虽非正规手段但能解决初始选择遗憾。需注意修改数据可能导致游戏异常，建议提前备份存档。对于通信交换功能，理论上可通过联机从其他训练师处获得，但实际操作受限于平台兼容性和联机条件。
从游戏平衡性角度分析，妙蛙种子作为初始精灵具有完整的进化链条和技能组合，其阳光烈焰与寄生种子等技能在后期依然实用。若错过初始选择，建议转而培养其他草系宝可梦如喇叭芽或蛋蛋，它们可通过正常捕捉获得且最终进化形态同样强力。游戏设计初衷是让玩家体验不同宝可梦的组合乐趣，过度执着于单一精灵可能影响游戏体验的多样性。
