口袋妖怪mega萌娘火红版是一款基于经典火红版改编的同人作品，最大特色是将所有宝可梦替换为萌娘形象，并加入了mega进化系统。游戏开局在博士研究所进行精灵三选一，初始宠物为妙蛙种子、小火龙与杰尼龟的萌娘形态。选择后需与劲敌进行首场对战，胜利后前往常磐市商店获取包裹，返回真新镇交给大木博士可获得宝可梦图鉴和5个精灵球。建议优先前往劲敌家中获取城镇地图，便于后续探索。
游戏核心机制延续回合制战斗，但所有精灵技能和属性均调整为萌娘版专属设定。mega进化需携带对应mega石，部分mega石可通过四之岛商店购买，但需注意培育屋存在bug，寄存精灵后无法取回。通讯进化改为使用进化石触发，如水之石进化蚊香蛙皇，月之石进化耿鬼。建议在玉虹市百货大厦四层囤积多种进化石，该层还出售技能机器和战斗道具。全国图鉴功能存在闪退风险，应避免点击相关选项。
主线流程沿袭原版火红剧情，但训练师阵容和道馆挑战难度显著提升。尼比市岩石道馆需注意馆主小刚的阵容包含LV12小拳石和LV14大岩蛇萌娘版，建议使用水系或草系技能克制。华蓝市水道馆战后可获得船票，触发圣安奴号支线时务必完成船上所有训练师对战以获取稀有道具。游戏中期在紫苑镇宝可梦塔会遭遇幽灵系萌娘阻挡，需先解决彩虹市火箭队基地事件获取观测镜才能继续推进。
后期内容集中在七岛区域，其中五岛仓库需要输入双重密码，首段密码在六岛洞穴深处获取，次段密码需击败火箭队干部后获得。完成密码解密后开启跨区域通讯功能，同时解锁超梦捕捉剧情。游戏存在多处隐藏迷宫，如月见山七个属性迷宫和发电厂闪电鸟事件，探索时建议携带秘传技能闪光与碎石。最终战前需确保队伍中有至少一只满级mega进化主力，并配备多种恢复药剂。
该改版存在若干稳定性问题，包括与NPC通信交换会导致重启、特定对话触发死机等。建议游玩时频繁存档，避免使用金手指代码。战斗系统新增Z招式与极巨化机制，但部分特效显示可能异常。通关后可挑战强化版道馆馆主和全国图鉴收集，但由于图鉴功能缺陷，完成度取决于玩家自行记录。游戏通过萌娘化形象和系统改良提供了差异化体验，但需容忍部分技术瑕疵。
