二周目开启后，玩家将获得船票并解锁全国图鉴，这是探索丰缘地区更深层次内容的关键。首先前往水静市乘船，途中会遇到亚希达并获取第二张船票，随后可前往对战开拓区挑战各类设施。对战塔是首要目标，建议优先完成单打和双打模式以积累点数，后续可解锁多人战模式。需对战开拓区的对手强度较高，若遇到难以应对的神兽队伍可暂时存档，待队伍强度提升后再尝试。
完成对战塔挑战后，建议转向对战巨蛋，这里能提前查看对手阵容，战术调整空间较大。对战工厂则提供随机精灵选择机制，初期可能遇到神兽组合，优先选择具备控场能力的精灵如噩梦神。对战设施全部通关后，玩家将获得银象征并解锁隐藏剧情，可返回丰缘地区继续探索支线任务，例如武斗镇的石之洞窟化石挖掘或凯那市的食物失窃调查任务。
前往天空之柱需通过131航道的隐藏入口，此处可遭遇烈空坐；琉璃市的永恒之花任务需收集陨石碎片，完成后能解锁特殊剧情。古辰遗迹的古空棘鱼、天空之柱的裂空座均是二周目独有的捕捉目标，建议携带高级球和状态异常技能以提高成功率。
资源管理方面，二周目需注重道具和技能机的合理分配。碎岩学习机可在紫堇市道馆获取，用于解锁石之洞窟的隐藏区域；星星的碎片可通过支线任务大量获得，是兑换稀有道具的重要资源。交通效率提升后，建议优先完成分散在各城镇的支线，如釜炎镇的速度药剂任务或卡那兹市的无限能量研究，这些任务往往关联隐藏道具和精灵。
丰缘地区的二周目联盟战难度显著提升，建议队伍中包含至少一只龙系或冰系精灵以应对烈空坐和暴飞龙。战斗结束后，玩家可解锁更多传说精灵的捕捉地点，如固拉多和盖欧卡的苏醒剧情，进一步丰富图鉴收藏。
